清水研究室にようこそ

生物の細胞の中では多くの代謝反応が同時に動いており細胞はエネルギーを獲得し自らを維持したり増殖したりしています。生物を利用した物質生産においては、細胞がエネルギーを得る仕組みや物質が変換される仕組みを利用しています。目的とする物質の生産を高度化するためには代謝をシステムとして最適化する必要があります。


私たちの研究室では微生物による物質生産を目的として、細胞を最適な状態に改良する手法の開発をおこなっています。細胞全体を見渡したゲノムスケール代謝反応モデルによる代謝状態をコンピューター上でデザインし、これを実現する育種を行っています。また、実験的手法とコンピューターによる解析を統合し、代謝フラックス解析を行っています。バイオリアクターにおいて利用する細胞の代謝状態を可視化する技術、光で代謝を制御する技術によって新しいバイオプロセス運転・監視の開発を行っています。タンパク質工学、進化工学とコンピューターサイエンスを統合し代謝反応を触媒するタンパク質の機能デザインにも挑戦します。


細胞の代謝状態を分析し、コンピューター予測し、細胞を望ましい状態に制御する、このようなウェット生物学とドライ生物学の両輪の研究の進展と生命の理解を通して、生物工学の革新を目指します。



新着情報

2026.09.15
学会発表
第78回日本生物工学会大会で戸谷吉博准教授、二井手哲平助教、今田辰海特任助教、西口大貴さん(卒業生)、森聖也さん(D2)米本大翼さん(D1)、 宮本彪雅さん(M2)、多留和希さん(M1)、 宮川丈さん(M1)、渡辺蒼太さん(M1)が発表しました。
2026.09.14
学会発表
化学工学会第57回秋季大会で戸谷吉博准教授、阪口虎汰朗さん(M2)が発表しました。阪口虎汰朗さんはバイオ部会優秀ポスター賞を受賞しました。おめでとうございます!
2026.08.04
新着論文
今田特任助教の研究がBioscience, Biotechnology, and Biochemistry誌に掲載されました。タイトルは「OpenMebius2: GUI-based software for 13C-metabolic flux analysis with tracer labeling pattern suggestions for precise flux predictions」です。
2026.07.28
新着論文
卒業生の宮脇君の研究がACS Chemical Biology誌に掲載されました。タイトルは「Rational Thermostabilization of the Fe(II)/α-Ketoglutarate-Dependent Halogenase BesD While Preserving Halogenation Selectivity」です。
2026.07.02
学会発表
神戸国際コンベンションセンターで開催された第20回International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2026)において、清水教授、戸谷准教授、二井手助教、今田特任助教、D2森、D1米本が発表しました。著名な研究者も多く参加され楽しくも充実した会議でした。